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朱由校自回宫之后，整个京师就没有一天安稳过，锦衣卫、东厂、刑部这三个衙门机构，不是在抓人就是在抄家的路上。
京师的勋贵，除去英国公、武定侯、彰武伯、宣城伯、平江伯、惠安伯这几家之外。
尽皆被抄家灭族，这古往今来，就算是改朝换代时，都是未有之事。
更何况还是本朝的勋臣贵族，遭到皇帝的无情屠戮，可谓是旷古烁今。
朝堂上的官员以及北直隶的文官们，同样没有好日子过，也遭到了大范围的清算。
皇帝亲自拟旨道，凡是与叛逆贼子相交莫逆的，所谓师生之情的，不管是何人，也全部拿了下狱。
京畿地区一时间人心惶惶，官员见刑部的官员和衙役，以及东厂番子和锦衣卫，就像见到阎王爷一样。
所幸朱由校一回来就让羽林军全面接管了京师，虽然很血腥也很乱，可也没出什么大问题。
皇帝如此举动，自然是惹得满朝文武都极力反对，甚至于宋应星和程国祥这样的天子心腹近臣，都不顾一切的开始劝谏阻拦。
“谋逆弑君这叛贼，自然是各个该杀，臣也是支持于陛下的。”
“可那些未参与此事的无辜之人，陛下为何要对他们也赶尽杀绝？”
“纵使那些勋贵横行不法，侵占百姓田亩土地，肆意妄为，可他们的罪状，也不至于被灭九族，陛下惩治他们是没错。”
“可方式方法太过偏激，勋贵与官员都是国之根基柱石，陛下以谋逆的名义，一股脑的将他们全杀了，必会尽失天下人心。”
“再者说了，勋贵们都持有先帝的所赐之免死铁券，陛下如此行事，列祖列宗的颜面何在，朝廷的威望和信誉又何在？”
“翻阅史书，即使是乱成一锅粥的唐末，包括蒙元入主中原时，向来都是善待与士大夫与贵族豪绅。”
“陛下今日行此事，可能一时是痛快了，可会为我大明，埋下祸根，酿成大祸的啊。”
看着费劲苦心劝谏自己的两位尚书大臣，朱由校也是与他们好言沟通。
思想这玩意，不是一朝一夕就能改变的。
尤其是华夏的文人士大夫，他们是非常传统的，大多是认死理，自命不凡，能变通的实在是少数。
比如在清末民初时期，西方先进的文化思想流入进来，遭到的抵制和打压才是真正的前所未有。
而始作俑者，就是他们，他们不愿意去改变，因为会损失他们的既得利益。
所以遭到这样的连番劝谏和质问，朱由校也没有生气懊恼。
能把他们说服说通最好，要是不行的话，他也不去强求。
他是皇帝，只要于国有利，他想干什么就干什么。
只要军队牢牢的握在手中，文官和地主豪绅们形成的政治集团，他没有丝毫的畏惧和担忧。
这些人充其量就是联合起来搞个所谓的民变起义，造反而已，没什么大不了的，打烂了更好，他占据着道德大义，可以更好的去收拾他们。
果然不出他所料，程国祥是个极为固执的老头，任朱由校百般与他解释，可他就是认为，皇帝太过残暴，应当收敛一些。