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大批官员的落马，导致本就缺人的朝廷，出现了许多的空位。
尤其是是五品以下的朝官，可以说所剩无几，甚至于六科的官员加起来都只有五个了。
朱由校也正好借着这次机会，开始将皇明学院，以及北直隶学堂的学子贡生，安排进了朝廷。
随后便开始了着手制度的改革。
羽林军的后勤司和参谋司，正式成为了朝廷的衙门，不只是军队中的编制了。
并正式成立了军部，与六部一样独立出来，直接对皇帝负责。
规章制度以及军权的划分也非常细致。
兵部的兵权正式被剥夺，从此以后，兵部再也没有管辖军队的权力，包括武举以及练兵权。
基本上是恢复到了洪武年间的规划，兵部只有核实军功，以及对于军队增减规划的权力。
其它的则都被划分给了军部，军部的官员也不在是文官担任，而是由立有战功，老成稳重的武将来担任。
并且效彷了汉朝的重号将军制度，凡是在军部任职的，都会挂上新增的前后左右称号的将军印。
官职定为正二品，与六部的尚书相比，不管是职责还是地位，都是相当的。
同时也刚好是四个人，同等地位同等权力，防止像内阁一样，搞出个首辅次辅的先后顺序来，一家独大。
当然了，他们也是没有兵权的，他们就类似于内阁一般，专门协助辅左皇帝，处理军队以及国防等诸多事务。
相当于皇帝的军事秘书，只有参议权而没有决定权。
而参谋司和后勤司，也是划归给了军部管辖。
户部拨发的军费钱粮，直接与后勤司进行对接，不在经过兵部之手，一定程度上保证了贪污最小化。
更重要的是，文官与武将之间的关系，不在是上下级了，而是平等的。
不管是边军，还是名存实亡的五军都督府，直接隶属于军部节制管辖。
众所周知，自诩清高的文官士大夫们，向来是瞧不起武将的。
朱由校这样的安排，也是怕武将们领着兵马在外面拼命，后勤得不到保障。
军队被文官们利用职权或是一些名义，卡着脖子的事，历朝历代都是有的。
而武将的升迁以及调度，这是大事，则要军部和兵部两方拍板，才能有效，这是朱由校有意为之。
此项改革制度一出，再次在朝廷引起了轩然大波。
反应最为激烈的，自然是兵部了，就连王在晋都不澹定了。
不止是兵部的官员，就连其他各部的官员，也是纷纷找他探听消息。
满朝的官员，谁不知道他王在晋是皇帝最为信赖倚仗的大臣
毫无意外，多数的官员，都没有得到王在晋的好脸色，不是被赶了出来就是在外面喝西北风。
“大司马，您得陛下信重，当速速入宫觐见，劝谏陛下尽快收回圣旨才是。”
“是啊，按照陛下圣旨所说，军部如果真的设立了，那还有兵部什么事？”
“我等官员，岂不成了无用之人？”
兵部的官员们一个个急不可耐，只能来劝说王在晋，去阻止皇帝的行动。
可身为尚书的他，此时难道就没有危机感？
他现在的心情，是最为糟糕的，比任何人都要烦躁。