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在裴矩等众多官员离去之后，杨杲当即向朝堂进行了大刀阔斧的改革重组。跟随杨杲最早最久的虞允文被任命为尚书左仆射，变法能力更为出众的张居正为尚书右仆射。
常年跟随杨杲征战的房玄龄为中书门下同平章事，刘伯温为纳言，和张居正一道常年为变法呕心沥血的王安石升任尚书令。
而原有的六部则扩充为十部，原有的吏部，户部，兵部，刑部，工部，礼部，再加上从原有六部之中分离出去的四部，其中有专门负责科举以及教育推广的学部，而原来负责此事的礼部则只负责全国的礼仪祭祀及藩属和外国之往来事。
其二是从吏部分离出去的司部，专门负责官员的考课等内容，另外两个就是从户部分离出去的商部和农部，商部负责全国的赋税财政收入，农部负责全国疆土田地，户部则负责全国的户籍。
这十部每部设尚书为最高长官，总管本部政务，其下两个副手为左右侍郎，每部根据职能或者郡县的划分设多个司，司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。
吏部尚书由杨士奇担任，杨士奇跟随王安石安定河北有功，又是宗室出身，虽说是连跳数级但也无人反对。
户部尚书由原来的洛州刺史、东都太守范仲淹接任，范仲淹坐镇洛阳后方多年，在安定民生的同时还给薛仁贵的十数万大军提供军需，从未有过短缺，过往数年考核也都是上上，此时提拔于他也在情理之中。而范仲淹留下的洛州刺史之职则由他的副手曾国藩接任。
司部尚书由原来的京兆尹、江都太守包拯担任，包拯铁面无私，在任职期间不畏权贵为百姓伸张正义，由他担任专门考核官员的司部主管也是再合适不过。
刑部尚书狄仁杰，礼部尚书岑文本二人的官职未进行调动，兵部尚书由王守仁担任，原本杨杲想让陈平担任尚书，可陈平的风评太差，还被御史多次弹劾，因为杨杲想到了同样文武双全的王守仁担任尚书，陈平则担任兵部左侍郎。
学部尚书由蜀州刺史颜真卿担任，颜真卿是书法大家，在学子间有很大的声望，又为官有声。
农部尚书一职由坐镇岭南多年的吕蒙正担任，又调任原幽州刺史于谦担任商部尚书，工部尚书一职为隋朝着名工艺家，建筑家何稠担任，不过何稠年事已高，但杨杲一时也找不到合适的人选，因此依旧留任何稠，左侍郎为庞籍，右侍郎为同样能工巧匠的浦元。