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随后主角前往了纳垢魔域，与纳垢达成合作，后者不在进攻帝国并与主角缔结不情不愿的盟约，在此时刻主角离间了莫塔里安与纳垢的关系，随后在纳垢魔域的正中央，想办法开启了一扇通往其余三个神领域的大门，导致亚空间大混战。
主角将手中的神瘟子弹交给了莫塔里安，让他自己决定，是要真正掌握自己的命运，还是当一个提线木偶，无论是帝皇的还是纳垢的。
趁机救出了伊莎，并从她口中得知了三圣之心是古圣打造的圣器，其可以吸收与平衡实体宇宙，与亚空间之间的波涛，类似于中古大漩涡，它可以将帝皇的灵魂吸入其中，并囚禁于此不断地虚弱，禁锢住帝皇无法死去成神，并让主角有机会彻底击败他。
伊莎在告诉主角，要找到三圣之心的位置，首先要找到定位器后来就离开，前去统合如今破碎的方舟灵族，主角继续踏上冒险之旅，并在一系列的探险与走访后得知，定位器被珞珈拿着，随后主角计划前往珞珈处，夺来圣器。
在前往珞珈的星球时，主角找到了鸦王，并与他，可汗以及科兹一起攻入珞珈的神殿，在这里抢夺了定位器，珞珈与主角对战时遭到了艾瑞巴斯的被刺，他背叛了自己的原体，夺走了他的神格与力量，并献祭了他的全部怀言者兄弟，飞升成神。
在濒死前，珞珈回忆了自己的过去表示自己不后悔背叛帝皇，但他很后悔让维托走到如今的这般田地，最终，珞珈燃烧了最后的灵魂，开启了逃生的通道让大家逃走，鸦王也在这一刻原谅了珞珈。
鸦王表示，他已经再给子嗣们的信中写过，永不归还，他自愿留下牺牲，挡住了艾瑞巴斯并牺牲自己杀了艾瑞巴斯，于此，鸦王归回了他的黑夜，珞珈也终于迎来了真正平静。
离开珞珈的信仰之城后，维托发现定位器上的星图人类，甚至灵族都完全无法理解，他选择了求助天堂之战的最后遗民，太空死灵们，维托找到了塔拉辛，并与他一起前往了死灵议会，在那里使用璀璨星图来解析定位器，这项诞生自天堂之战的古老仪器，最终破解了三圣之心的位置。
但就在此时，死灵会议上突然早已离去多年的寂静王归来，他一直在旁听观察着银河的命运，三圣之心将有机会让太空死灵赢得这场千万年战争的最终胜利，实现太空死灵们的最终崛起。
寂静王打算抢走定位器，并与主角爆发了冲突，随后将维托囚禁，随后在塔拉辛的秘密帮助下逃离，但维托知道，逃走也没有意义，寂静王会为了夺走定位器而追杀他，这一次太空死灵的各个互相敌对的王朝会团结一心，在拥有统御协议的寂静王带领下，发动一场对帝国的庞大攻势。
而现在，帝国无法承受，并且为了准备后来面对帝皇，也不能在起战端，所以主角决定在这里彻底解决问题，他瞅准了统御协议，既然寂静王可以用它来控制死灵们，那自己也可以。
令人意想不到的是，塔拉辛决定帮助主角，他说自己与其期待一个被寂静王统治的死寂宇宙，盼望着一片根本没有希望的未来，与那些只剩下躯壳的同胞为伍，不如站在生者的这一边，再者说，他很期待他们未来上演的故事。
所以塔拉辛帮助主角，一起潜入了寂静王的王庭，在那里与寂静王爆发了决战，寂静王依靠星神之力与主角打的难解难分，最终，塔拉辛说服了在场的奥里坎，两人决定一同站在希望的这一边。
奥里坎设法将星神碎片融合在了一起，让重生的星神脱离了寂静王的掌握，星神期待了万年的，对自己背叛者的复仇者开始了，重新凝聚的星神与寂静王打做一团，并双双最终湮灭。