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随着象征人类希望的诺亚方舟——风信子号殖民舰跨越时空的维度，抵达一个拥有三颗宜居行星、一颗盖亚行星的星系，在这里发现并掌握了巨构·星门‘深渊纤维’的风信子号殖民舰的高层们决定在这个地理位置优越的星系停下脚步，并将这里命名为‘新伊甸’星系。
由于风信子号殖民舰并非唯一一艘承载了前人类联邦希望的‘诺亚方舟’，所以在风信子号停下并建立起第一座殖民地后，殖民舰高层们开始着手对其姊妹舰秋菊号的探索。
拖不知道哪位神佛的祝福，在对巨构·星门‘深渊纤维’进行探索时，殖民舰高层们不仅发现了仍处于太空时代前期、但历史发生了亿点偏差的地球，同时也收到了一条附带空间坐标的求救信号，通过对求救信号的分析，高层们确定了发出者正是他们的同伴——秋菊号舰长·北宅。
在确定求救信号发出者是北宅后，殖民舰高层们为救援工作进行了一点准备：包括但不限于制造出战力以k计算的帕拉丁级战术巡洋舰和各种功能特异的战列舰。
当然，在对北宅进行救援的过程并不是一帆风顺的。
因为跨时空航行的高危性，在秋菊号迫降时一些不属于真实宇宙的东西（虫族）被它从高纬（亚）空间中带了出来，由于它们的特殊能力可以完美控制宿主的思想，所以它们对殖民舰高层们的救援行动展开了疯狂的反击。这也导致了一个新生的宇宙帝国（贝利尔帝国）遭到了史无前例的袭击。
【为促和平，统合成立】
不过这种对贝利尔帝国的袭击很快就被遏止住了。
在秋菊号舰长北宅返回后，殖民舰的高层们对殖民地未来的发展与规划进行了长达一周的思考与讨论。最终在拿到了经过实地考察后的地球社会发展报告后，一个大胆的计划诞生了——依托殖民舰先进的科技生产力，以VR的方式来委托地球上的各国公民共同推动《诺亚方舟计划》···推动人类科技发展、尽快步入星际时代。
得益于‘玩家’群体的加入，殖民舰的可用劳动力在短短数日就达到了一个可观的水平。根据个人的意愿，一支以‘斯巴达’为连队称号的百人连队被部署到了贝利尔帝国的母星（也是他们唯一的星球）上去协助贝利尔人对虫族的入侵进行遏制。
‘玩家’们的加入不仅预示着殖民地的可用人口不断上涨，也预示着真正的星际大航海时代的到来。为了加强对‘玩家’群体的管理以及吸纳后续友好星际文明的加入，风信子号殖民舰和贝利尔帝国共同成立了统一合作关系部（统合部），由殖民舰舰长纪辰任部长。
【发现文明，调解纷争】
统合部历2201年4月，也是殖民舰结束跨时空航行的第四个月，统合部勘探船‘无畏号’与纳格亚利王国的科学舰在远离统合部边境的陌生星系中相遇，随后追击纳格亚利王国科学舰的科尔-阿赞合众国的舰队对两艘无武装的民用舰船进行攻击，迫使统合部卷入了纳格亚利王国和科尔-阿赞合众国之间的冲突中。
虽然被迫卷入两个陌生异星文明之间的星际战争中，但是本着互利共赢、共同发展、构建和谐美好新宇宙的理念，统合部积极对两个文明之间的纷争进行调停。
而在统合部努力下两个文明暂停了长达百年的全面战争后，一个巨大的阴谋浮出了水面……一个自称为沃尔科技协会的文明一手主导、策划并掌握了双发之间的战争，并彻底控制了科尔-阿赞合众国几乎所有高层官员和重要岗位上的中层人士。