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张献忠要杀自己人，包括以下三种人：
其一系四川人，有在四川入伍者，有系四川人而在他省入伍者。
其二系他省人而在他省入伍者，有系他省人而在四川入伍者。
其三系明朝官兵投降过来者，有系阵前俘获者，又有系各地方上的土匪入伙的，俱当尽诛。
其中尤其是四川义军，张献忠认为都是些“剽悍亡命，叵测不轨之徒”，故“恨入骨髓”，必欲除之而后快。
屠杀的办法与杀士子时类似。
先谎称要从士兵中挑出精干者，成立水师营。
因此命令部队在张献忠等军官面前列队而过，过去者生，被‘挑中’者即待死。
先在江边建造了一个木栅城，挑出来的数万军人都关进城内，开杀之时，先用枪炮向内轰攻，死伤大半，然后方挥兵入内砍杀。
结果在军中共杀“男妇二十万有奇”，占全军半数，张献忠在自己军中制造的屠杀恐怖，使得幸存者恐为张献忠所屠，大批逃奔“摇黄十三家”起义军。
张献忠还认为，随营妇女是自己行军作战的累赘，在杀过自己士兵以后，把屠刀探向军中妇女。
复兴元年六月，张献忠离开成都时，首先将自己的三百嫔妃杀掉二百八十名，只留了二十名侍候自己。并命令：
“各营所有妇女，齐集一处，由兵围绕，献忠另选兵人一队为刀斧手。号令一声，乱砍乱杀，叫冤哭惨之声，展动天地。妇女尸身堆积如山，血流成河。”
还有史料记载，由于缺乏军粮，张军曾经把这些死亡者的尸体“剐之割之，制成腌肉，以充军粮”。
收拾干净之后，张献忠率部启程。
开国时的一千多文官，此时被杀剩二十五名，忠心耿耿地跟在身边。士兵人数亦只剩三分之一。张献忠犹满腔豪气。可惜行至西充凤凰山，遭遇齐军。
他随即骑马出营，未穿盔甲，亦未携长枪，除短矛外，别无他队，同小军七八名，并太监一人，奔出营外，探听齐军虚实。至一小岗上，正探看之际，突然一箭飞来，正中献忠肩下，由左旁射入，直透其心，顿时满地鲜血长流，献忠在血中乱滚，痛极而亡。
其时，张献忠方四十一岁。
张献忠亡，大西军群龙无首。在齐军的勐烈攻击之下，更是节节败退。
至大齐元年年底，四川境内的大西军残兵基本上都被肃清。
张献忠义子，手下大将孙可望等人投降齐军。
而李定国则誓死不详，最终战死。
经历一年左右时间，张献忠建立的大西政权彻底覆灭，四川落入了大齐的掌控之中。
得知了张献忠的死讯，四川各地百姓喜极而泣，嚎啕大哭，庆幸自己的劫难终于过去。
随着大顺政权和大西政权的先后覆灭，大齐皇帝沉墨的社稷版图中就剩下了最后的一大块—南明占据的长江以南的广阔地域。