徐光启、张原等人要求与沈榷进行西学辩论是要在礼部主持下才能实施的，所以即使皇帝按照吴道南的票拟同意举行辩论，也要通过礼科给事中把批复下来的奏章送交礼部衙门执行，而礼科给事中若认为内阁的票拟和皇帝的批复有违失，可以封还驳正，所以礼科给事中这一环就成了方从哲最后的防线——
方从哲身为内阁首辅，