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呼应《黑客帝国1》开篇尼奥以主体身份看到玻璃窗上的泡沫，居于客体位次又兼为《黑客帝国4》主角之一的八哥，在镜面上擦出泡沫的一刹那，她看见了尼奥，感觉出了什么，打开了她的心灵，因而发觉了周围世界的不真实性。近二十年《黑客帝国》系列的转变，由主体叙事转换为去中心化叙事，由一元、二元论演变为多元论，以回顾历史迎接新的时代。
《黑客帝国4》也挣脱了前三部对善恶、人机的二元划分，以往尼奥与史密斯的二元关系也被解构。新史密斯指出安德森（耶稣的自称）与史密斯（大众的姓氏）共同点远比想象地还多。他们不过都是在矩阵世界充当一个必要角色的应化示现而已。
《黑客帝国4》复出旧演员的形象，却是居于末次的。梅罗文加遗老式微，反映了矩阵规则下的因果业报。然而，不住于善、不善的尼奥、新史密斯却未受影响。大概是因梅罗文加入戏太深，而善良的尼奥和看似不善的史密斯都已出离于虚构的代码。晚年的奈奥比因驻于过去的战争，也像往日的锡安议会那样，充当了保守派分子。而新角色八哥和长大后的莎蒂造型、行为恰恰是更标新立异，超越于时代的，她们悄然成为了新一代领导者。
沃卓斯基姐妹又热衷于文字游戏，《黑客帝国》几乎每一个人名都会暗含寓意。比如，“尼奥(Neo)”是将“一”的三个字母调换顺序，“崔妮蒂(Trinity)”又指“三位一体”，“安德森(Anderson)”是指人之子、是耶稣的自称，“蒂芙尼(Tiffany)”寓意为神的示现，这也暗含了男女主之间的默契。“托马斯”呼应前三部的怀疑论主题，而在第四部史密斯（大众的姓氏）对尼奥的称呼是汤姆（大众的名字，也是托马斯的简称），用以彰显二者的共同之处。再比如，“梅罗文加”取自法国第一个封建王朝，又与矩阵的前五次革命相呼应。“八哥(Bugs)”的意思既是虫子，用以代称网络爬虫，同时又是计算机故障。“莎蒂(Sati)”可能是指这个词的另一层寓意“真实的人”。浅层次来看，热衷于文字游戏是在着相。但实则也未必是，因为如果执着于不玩文字游戏就是刻意去除相。而真正达到不取于相的境界，会顺其自然地玩文字游戏，不执着于刻意去除相，也不执着于有相、无相的二元对立。
多数解析者提出《黑客帝国》中“锡安”也是虚拟世界，我也不得不打碎一部分人的幻想，认可锡安世界的虚妄设定。如果作为硬科幻，那就本不该出现将人体用作电池这一违反能量守恒定律的设定，况且锡安人仅仅依赖地热能喝得上白米粥也是不现实的。若仅视作文艺作品，影片也用许多信息揭示了这个设定。比如《黑客帝国2》一个情节，一名孤儿托人示给尼奥一只满是折痕的汤勺，提醒尼奥异能在锡安照样适用。这指的是第一部出现的小男孩，他已有能力穿梭两个世界，并且脑袋上没有插口，在锡安也没有亲属关系，所以自称孤儿。还有《黑客帝国4》指出莎蒂的父亲运用“异常”设计了尼奥的复活舱，莎蒂作为“异常”的继承者，也有能力具象化出现在复活舱的周围。这些角色的境界甚至可能比主角还高，只不过电影更方便展现英雄抗争的故事，而忽略了那些隐士的生活。
“锡安”一词原义是指：升到天上去的国，一心一意住于正道之中的上帝的子民。可见电影《黑客帝国》中“锡安”的寓意也近于“极乐世界”。但所谓的“极乐世界”，在那里有形形色色的低熵树列、有用于播音的幻化鸟鸣......这诸多有相的物质存在，距离离一切相的彼岸，还不知远到哪里去了。就像电影《黑客帝国》的“锡安”有被机器欺骗的虚假自由、有米利坚鼓吹的虚假民主那样，追求“往生极乐”的“有为泡影”，还不如认认真真去建设社会主义社会。在《无量寿经·第二十二》中有：在任一时间区间往生极乐净土的生命，一定可证得无上正等正觉（按我自己话风给出的现代文翻译）。这也旁证了所谓的极乐净土与佛教追求的最终目标（无上正等正觉）并非同一性质。还有人会因此认定“往生极乐”是抵达彼岸的一份保险。但若按佛教世界观，另有一个基础的共识是，一切众生都将抵达彼岸。由此可知，往生极乐世界只是证得无上正觉的充分不必要条件。而实际上，那个有相的物质极大丰富的“极乐世界”，就如同《法华经·化城喻品》在一条险难恶道的中途，有个智慧的导师为了缓解众人疲惫，变幻出的幻城（按我自己话风进行的概括转述）。倘若人们沉溺在中途的幻城，与抵达真正的终点显然是背道而驰的。然而，善良的尼奥在自己洞觉这一切虚妄之后，却不忍心将真相告知信仰正岌岌可危的锡安人，甚至都不忍心任由虚幻的矩阵遭受毁灭。