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基隆之战可谓大获全胜，不仅获得了一个优良的港口和一个生活设施齐配的寨子，还缴获了二艘大海船、二十四艘中型海船和四十余艘轻快小船。有了这些船只，可以让流求公司的海上力量快速成型。除了廖泥鳅最看重的船只外，还缴获了大量的粮食和金银丝帛及珠宝玉器，这些东西都是海匪多年抢劫积攒下来的，如今成了霹雳军在流求获得的第一桶金。那四五百名海匪，除了战死一百余人外，大部分人做了俘虏。实际上海匪要逃出寨子霹雳军也拦不住，只不过没有了船只能往那里逃？逃到附近的丛林中，被食人生番捉住的下场，仅想想就令人不寒而栗。
接到廖泥鳅占领基隆的消息后，舟山岛上的众人便忙碌起来，将人员和物资运往流求岛。要将几千人和包括粮食、盐布匹及工具等大量的生产生活物资运到岛上，又要注意保密，实在是个艰难之事。好在廖泥鳅派了三十余艘大中海船回来，李开鹏又从其他商号甚至官军水军处租了不少运输船，故经过半月有余的忙碌，舟山岛上的霹雳军人员和物资基本运送到基隆。这也让舟山的地方官长舒了口气。
在舟山的官员看来，这些来自川西的兵卒手握四川制置司的公文，又和朝中高官有千丝万缕的联系，惹不起还捞不到多少油水。这些人还以朝廷允许为由大量招募流民，要带回川西屯垦。这些无业流民虽有约束并未闹出麻烦，但一直留在舟山终究是个隐患。如今他们一并走了，便还了一众官员的清静。至于他们是回川西，还是到流言所称的海外，便与舟山地方官不甚相干了。
虽然提前做了诸多准备，但几千人突然涌入基隆，也是搞得一片混乱。粮食并不是问题，此次搬迁随行带了十几艘船的粮食，海匪寨中也有不少存粮，数月内倒无缺粮之虞。最大的问题是房舍不足，基隆原本只容纳了几百名海匪，如今人数突然暴涨十数倍，光是人员居住的房舍便缺少甚多，如果加上粮食、物资仓库和需要立即开工的造船厂、农具厂等工业用房，房屋便显得极为不足了。余柱只得命令将房屋优先用于生产建设和工匠、教师、医生等技术人员，包括他在内的全体官兵和流民，全部在寨子外搭建帐篷。
流求的冬天并不寒冷，在外宿营也没有蚊虫的叮咬。由于岛上的食人生番并不从事农耕，而以渔猎采集为生，故寨子周围便是郁郁葱葱的大树。这些树木伐倒之后不仅可能用来营造房屋，还可以挑选良木用于造船，土地则可以变为极肥的耕地。只不过伐木刚开始不久，便有食人生番的前来袭扰。余柱只得一边派人警戒，一边伐木营造房屋。几日下来，食人生番虽然被火器杀伤了不少，但也用毒箭射伤了几名士兵和工人。所幸的是余柱也带来了从苗疆获取解毒药，这些解药虽然没有彻底治愈伤员，留下了不少后遗症，却也保住了性命。
正当流求公司高层为防不胜防的食人生番头痛之时，一个叫大头的海匪被带到了余柱面前。由于当下还没有在岛上找到矿产，没有矿洞让海匪服苦役，故只得让他们一起砍伐树木，当然他们砍伐的位置便是危险程度最高的最外围。这一日大头腹中疼痛，便向看管士兵申请到旁边林中拉肚子，自然也被应允了。霹雳军根本不怕俘虏逃跑，岛上的蛮荒丛林中即便没有食人生番，也有凶猛的野兽，凭个人的力量根本无法存活下来。