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邓文仪在调查中发现，由于建设南昌飞机场的经费紧张，原先还有一些破房子没有拆掉，时任航空署署长的徐培根把这些破房子重新装修后，就作为飞行员的宿舍来使用，而火灾事故的原因正是源于这次装修。
在房子装修过程中，需要把原来的房子里面的木地板全部掀掉，换上新的木质地板。当时的每一块木地板都需要工人手工用刨子削平整，从而产生了许多的木屑，很容易燃烧。
不巧的是，有一个晚上值班的哨兵抽起了烟，然后随手就把这个烟头扔在了木屑上面，最终导致火灾的发生。
于是，邓文仪就把飞机场失火案的调查结果整理成了一份文件，秘密发给了委员长。而且，他还在文件中提出了两个解决办法：1、将肇事的哨兵枪毙，以正军法。2、对民众讲清楚，这只是一个责任事故，以后会引以为戒。
尽管委员长还有很多疑虑，但为了尽快息事宁人，他还是认可了邓文仪的调查结果。
几天后，报纸上突然报道了一条消息，基本上推翻了邓文仪的调查结果，甚至有人怀疑是航空署署长徐培根，因为飞机是他负责买来的，或许从中贪污了钱财。而他为了掩盖贪污受贿的真相，故意纵火烧毁贪污的证据。
除此之外，一些媒体还还将矛头对准了这起案件的查办人邓文仪，纷纷质疑他与徐培根的之间的关系。
听闻外界和报纸上的评论后，委员长也开始怀疑邓文仪的调查结果，自己辛辛苦苦耗资千万建设的飞机场，怎么会毁于如此简单的一件小事之下。
在新一波的社会舆论质疑声中，本来就生性多疑的委员长一怒之下撤销了邓文仪的职务，同时还把航空署署长徐培根关进了监狱。
就在这个时候，杨永泰等人开始做起了委员长的工作，说：“南昌行营对苏区的情报来源非常重要，现在没有了科长，很多事情就没有办法往下进行了，要尽快选派一个新的科长。”
其实，除了中统和军统以外，南昌行营是委员长成立的第三支特务机构。自从中原大战后，委员长亲自到达南昌指挥“剿匪”事宜，并成立了南昌行营，统管范围包括江南五省。
于是，国党内的各种势力蠢蠢欲动，他们都想要争夺南昌行营调查科科长的位置。而中统的实际掌权人陈立夫也开始暗中疏通关系，想要中统的人来接管南昌行营调查科。
在之前报纸上质疑邓文仪的调查结果的文章，其实都是陈立夫在背后一手策划的，他的目的就是要搞垮邓文仪，然后自己接管南昌行营调查科。
很多人都认为，南昌飞机场的那场大火是由陈立夫指使人放的，不管真相是不是如此，可以肯定的是，陈立夫与南昌行营之间的矛盾早就已经存在了。
邓文仪被撤职后，陈立夫立即向委员长申请，让中统的人来接管南昌行营调查科。
委员长听完后，表现得非常生气，对陈立夫说：“你们不要插手军队的事情，安心做好你们的本职工作，专心把地下党员查出来就行了。”