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由三公九卿演化而来，未形成三省六部
以省、司、府、局、监、台为序
一、内朝
称内务省或门下省
设宦务司、凤仪司、皇城司、詹事府、太医府、秘术监、中书监等
宦务司为宦官管理，以黄门侍郎为首，设黄门令、常侍、秉笔、听录、行架、中执法等官职
凤仪司司掌皇城诸宫，设局，统摄诸宁、岚虙、噰嘏人事，三局皆设给事、尚方、门令、音监、中谒者等
詹事府有大长秋、中长秋、私府令、永巷令、仓长、校官、中从郎、长信詹事等
太医府设太医令、太医丞
皇城司设城门校尉、镇护校尉、奉车都尉、舆马都尉等
秘术监不予展示
中书监多为皇帝亲近者，设有中书令、中书史、左右掾官、中书舍人、中知郎等
另，有太子门下，设太子符节、太子舍人、太子门大夫、太子洗马、太子太傅、太子少府、太子中庶子、护太子家等
二、外朝
（壹）由尚书台改尚书省，设务兵、务礼、务工、务吏、务农、巡监六司，以尚书令总领大小事务，增左右仆射为副官，原九卿降品为各司长官
1）务兵司长官称司马，副手称兵务丞，下设兵录府、养马局、军械局、两参局、兵知局、修录局、都兵监、扶兵监等，名义统领诸将军府诸校尉府
诸将军诸校尉府奉诏开府
兵录府以掌录、听录、典事为三长官，下辖两录局和兵仪局，前者负责各地兵役事物，及诸常戍军事物，有侍中负责，掾官十五，书佐三十，后者负责征兵、练兵之职之需，设侍中，掾官二十，书佐四十
养马局主管全国马匹，无论战马、驽马，皆由此调取，以太仆为主官，太仆丞为副官，于各地置牧师监、骏马监等
军械局主管京城武库，另看管各地武库，负责军备
两参局为执掌南北司隶禁军的机构，分事北监、事南监、京中监、京畿监
兵知局负责前线战局，有侍中，有直接进宫禀报皇帝的权力
修录局为随军文官，充当监军，并负责战报拟定，事实上已成为镀金的部门
都兵监为战时指挥部，在战时失联地区充当指挥部
扶兵监负责战后事宜，包括抚恤、军功传代、安置流民等
2）务礼司兼并了九卿中太常与大鸿胪的权责，以太常卿、少常卿、太典章、少典章为主要官员，下设隆学府、宗正府、祀局、典章局、外礼局、大礼监、钦天监等
隆学府设隆学大夫，下设事院局、学宫局、释经局、刊务局、教习监、藏书监。事院局管理各地书院，并负责书院考试选官，置侍中，学宫局负责供奉先贤，同时负责学术辩经之事，置大夫，释经局编写官方教材、为古籍拟定官方释义，置侍中，刊务局负责抄录书籍，同时管控书籍流动，置侍中，藏书监又名光禄阁，为国家藏书馆，置侍中，教习监负责师资认证，同时，给予官方大儒身份，未取得身份的，一律称为大贤