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帝國的遠征很順利，越來越多的原體被發現，越來越多的世界被帝國佔領，帝國聖疆不斷擴大，人們讚頌著神皇與他的天使，當然，並不是所有人都樂見帝國的擴張。
帝國在遠征期間，有的原體因為過去的經歷而選擇了以激進極端的方式收復人類世界，透過恐懼與死亡帶來安逸，這可能不是最好的方法，但卻非常有效，哪怕是帝皇也不得不認可。
午夜領主，作為繼阿爾法軍團第二神秘的軍團，他們的各種情報對於其他星際戰士軍團而言都是一個謎，他們幾乎不會與其他戰團合作，他們並不直接聽從帝皇的指揮，而是按照帝皇的期望在進行推進。
在R公司的指揮旗艦上，柯茲正和繆0討論攻略計畫，在這十年間，他們收復了近千個人類殖民地，消滅了無數異形，重建了大量工業地帶，但現在，柯茲的遠征計畫開始出現瓶頸，隨著遠征的進行，需要攻略的星球越來越多，星域越來越廣，由於推進過快，許多佔下來的世界還未來得及發展重建，無法為遠征艦隊提供補給，現在的午夜領主艦隊完全是依靠遠征路線中央幾個重要的戰略世界提供的資源勉強支撐，為了達成柯茲所期望的目標，許多午夜領主大連在攻陷一處地方之後，便馬不停蹄的趕往下一處世界，兵員無法即時補充，後勤補給困難的情況下，柯茲決定暫時停止遠征計畫，重新調整午夜領主的狀況。
“我建議先留下部分兵力，在佔領區建立一個統括機構，為軍團提供後勤支援，同時也該擴大部隊規模，在先前的戰役中，午夜領主軍團已經折損了數億凡人輔助軍，兩支滿編主力艦隊，數千萬輛各式載具以及數千名阿斯塔特，恕我直言指揮官，現在的軍團規模並沒有能力支撐接下來更浩大的遠征行動，我們必須要休養生息”
柯茲沈默片刻，說道：
“我們沒有能力去扶植那些低效無能的殖民地政府，也沒有足夠的技術人員去建設那些龐大的設施，我們剩餘的技術人員數量連設備保養都有困難“
”指揮官，我建議你與機械教達成合作，他們有足夠的人手幫助我們建設殖民地，當然，您會失去一些私人財產，不過這是必要的投資，希望你能夠理解“
在戰爭中，午夜領主和R公司都獲得了許多異形勢力的科技，能干擾人心的音波裝置，強大的電磁步槍，靈能放大裝置，有再生能力的特殊金屬等等，這些繳獲而來的小物件被廣泛的應用在軍團基層的阿斯塔特和部分凡人輔助軍身上，許多沒有用處的異形造物被丟在倉庫裡吃灰。
”那就這麼定吧”
很快，在帝國官員們的交涉下，機械教與午夜領主軍團於達成了協議，午夜領主將讓出數十個宜居世界，同時將部分異形造物交給他們，作為交換，機械教將要為午夜領主軍團提供大量的技術人員和軍事後勤支援，對於柯茲而言，這是一筆不錯的買賣，用幾個不安分的殖民地和一些沒用的垃圾換得繼續推進的龐大後勤支援，機械教真是大好人啊！
而機械教這邊，本來他們是打算與午夜領主簽署不平等條約，但在看到那些異形遺址和造物時，他們就不安分了，在柯茲和第四集團軍的影響下，午夜領主們有了回收特殊戰利品的習慣，同時還會保留那些重要的異形城市和技術文件，機械教對它們非常感興趣，雙方就這樣陰差陽錯的達成了共識，可喜可賀。
而位於極限星域地帶的圖書館這邊，安吉拉在搞定星球的發展基礎之後，就一直待在圖書館之中，由四散在銀河之中的前部長們不斷將各個世界的資訊分享給她，讓她不會無聊。
隨著圖書館在星球上的扎根，光之樹開始覆蓋整顆星球，錯種複雜的巨大樹根環繞地表，整顆星球已經有超過半數被樹根樹海淹沒，這一舉動喚醒了沈睡在星球深處的強大異形。
太空死靈，是一個比人類還要古老的種族，他們擁有著極為強大的科技和文明，但在星神的蠱惑下，整個種族都失去了靈魂和肉體，成為了一個個沒有自我意思，冷冰冰的殺戮兵器，雖然他們在後續成功向欺騙他們的星神復仇，但圍剿星神的過程導致太空死靈損失慘重，為了復興死靈種族，寂靜王與其他王朝統治者們商量出了對策，由寂靜王帶領少數精銳尋找找回靈魂肉體的方法，而其他王朝則是陷入沈睡，在未來，它們會捲土重來，重振死靈王朝。
在光之樹根外圍，司書們正在互相聊天，從銀河個處歸來的他們會互相講述自己的事蹟。
在遙遠的銀河邊陲地帶，丹尼爾和卡莉以及繆遇見了許多文明，有人類的失落殖民地，靈族的處女世界，獸人的帝國，各個勢力在這裡互相廝殺，在卡莉的帶領下，他們成功的建立了R公司的據點，並以此開始擴張。
在科普魯星區，喬凡尼遇到了極限戰士的遠征艦隊分支，成功的被招攬如帝國之中。
塔拉星區，米歇爾和伊莉雅成功的將兩顆死亡世界改造成宜居世界，並建立了大量的防禦工事和太空港，為極限戰士提供援助，後面亞瑟也加入到了他們的行列，處理帝國方的外交事務。
本傑明在帝國境內宣揚艾因的事蹟，並建立了艾因教，現在正被懷言者等帝國部隊追殺。
麗莎在名為泰倫的海洋世界進行研究，她打算以此作為她未來的據點。
司書們暢談著他們的故事，他們沒有注意到的是，在光之樹沒有籠罩到的星球另一面，沈睡已久的死靈已經緩緩甦醒。