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在强力巴尔坦星人死亡后，更加强大的精神巴尔坦星人操纵着机械杰顿前来复仇。他的头脑异常发达，能利用强大的精神波，控制部下及怪兽袭击帕瓦特。他所控制的母船最后被超级镭射击中，自己则爆炸身亡。
招式：精神控制波、精神扰乱波
武器：母船、手钳
死因：母船被导弹击中，爆炸身亡。
弱点：斯派修姆
其他：外貌和强力巴尔坦星人相似，只是头顶的螺旋状物体和强力巴尔坦不同。
必杀招式：精神波
据推测它是巴尔坦一族的支配者，头脑异常发达；能利用强大的精神波，控制部下及怪兽。
微型巴尔坦星人
身高微型~1.5米，体重微小~55公斤。
向地球人传达了黑暗巴尔坦来袭的信息的巴尔坦星人稳健派，其造型结合了《奥特曼》中巴尔坦星人、《杰克奥特曼》中的小巴尔坦星人以及《高斯奥特曼》中的ChildBaltan。本体是巴尔坦星的女子，在地球上化身为一个可爱少女。她平时双手呈“V”形，嘴里说“巴鲁鲁（バルルン）”，可以施展魔法一般不可思议的巴尔坦星的超科学。甚至可以像哈利波特一样骑扫帚在空中飞。微型巴尔坦被塑造成一个魔法少女的形象。
黑暗巴尔坦星人
身高微型~51米~超巨大化357米，体重微小~39000吨~273000吨。
黑暗巴尔坦是激进派，其强硬的作风和侵略地球的野心无愧于“黑暗”。
剧中称地球人是愚蠢的生物。
“将地球污染，并打算将月球和火星占为己有的宇宙的侵略者。
“地球を汚し尽くして次は月や火星を我が物にしようとする宇宙の侵略者”
从而讨厌地球人，并意图侵略地球。
与历代巴尔坦的称号“宇宙忍者”不同，这个黑暗巴尔坦，号称“超科学星人”。为了与这个设定相符合，剧中黑暗巴尔坦的招数大多以“超级科学”来解释，连分身术也被改为克隆。
黑暗巴尔坦在剧中曾经表示了：
「バルタンの科学はウルトラの星の科学を超える」（巴尔坦的科学超越了奥特之星的科学）
不过本作中黑暗巴尔坦的笑声「フォッフォッフォッフォッ……」（嚯嚯嚯嚯嚯嚯……）是尾崎右宗重新配的，没有沿用昭和系巴尔坦的声效，所以感觉不如原本的笑声经典。而且本话中，黑暗巴尔坦的笑声更多时候是“哈哈哈哈哈哈哈哈……”。
根据本作的设定，巴尔坦星人原本的相貌与地球人一模一样，但由于母星被重度核战争所污染，为了在重度污染中生存，巴尔坦星人进化成蝉的样子。
黑暗巴尔坦掌握了超越常识的各种各样的特殊能力，在《奥特曼》系列中是第一个战胜奥特战士的巴尔坦星人，号称是历代巴尔坦中实力最强的。同时，在本作品中再次登场的《奥特曼》、《赛文奥特曼》中的怪兽和宇宙人中，唯一战胜麦克斯的也只有黑暗巴尔坦。
这个黑暗巴尔坦号称是历代巴尔坦中实力最强的。以前巴尔坦星人拥有的能力他全都有，除此之外他还拥有历代巴尔坦都不拥有的一些能力。黑暗巴尔坦的实力均在历代在巴尔坦中处于上乘，尤其擅长念动力，把念动力发挥到极至。在《麦克斯·奥特曼》第33、34话他与Max对决时，他以念动力招数为主，一直压制麦克斯。