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带着逝者的最后的祈愿，绫音和晨晓在废校舍里艰难且努力地活着。
可殊不知，更大的灾难骤然降临了——一种前所未见的巨大怪物出现在白祁市的市中心里，造成了大量的人员伤亡。
在逃跑的过程中，绫音不慎被怪物抓住，虽然在这之后被成功救出，但也染上了一种怪病，最终肉体坏死而亡。
抱着最后一位恩人的遗骸，晨晓和那只怪物一起迎来了最后的烟火——核弹阵列的攻击！！
不知过了多久，当晨晓恢复意识的时候，自己正搭乘着一个空降舱降落在了一个叫做托托亚岛的地方，并按照脑内一个神秘声音的指示消灭了绝大部分来到岛上的西恩联邦军队。
随后，她又在那个声音的引导下前往了位于南亚的克什米尔，试图杀死一名西恩联邦的科学家。
说来也怪，这个粉毛科学家居然扎着六角辫，看上去很像墨西哥的六角螈蝾。
不过这次刺杀还是失败了，那名科学家用手头上的某种装置干扰了安装在晨晓后颈上的特殊设备，使后者陷入了暴走。
在恢复平静之后，晨晓又被派到了被冰雪覆盖的南极，消灭来袭的盟军部队，守卫那个神秘声音所说的巨塔。
虽然在最开始，借助一艘空中战舰的能力，盟军成功突破了南极洲的第一道防线。但由于巨塔正在干扰他们的通讯，那艘战舰也因为某种原因无法长时间支撑。盟军部队只得各自为战，向位于极点的神秘部队的核心基地推进。
在前往极点的路上，晨晓与一名拿着能让人发生基因突变的粒子光束枪的超级士兵分别开来，随后杀死了盟军此前捕获的复制人，随后在前往极点的路上除掉了在南极外围抵御南半球神秘部队的特种飞行兵，并和极点的部队会合。
不过此时，同盟国联军也终于推进到了神秘部队在南极点的核心基地，并通过摧毁心灵能量源瓦解了巨塔的外围防线，并继续向巨塔推进。
就在神秘部队总部的基地被步步蚕食的时候，晨晓的出现瞬间扭转了整个战场的局势，盟军开始节节败退，甚至连那艘空中战舰也遭到了神秘部队的渗透和破坏。
最终，战舰上的盟军指挥官寄希望于发动时间静止，以此把巨塔和外部世界隔离开来，但晨晓在千钧一发的时刻摧毁了空中战舰，然而空中战舰在坠毁之前撞上了巨塔，盟军指挥官壮烈牺牲，残存的盟军部队只能在用某种特殊的能量立场将自己和战舰的残骸传送走了。
在此之后，便是接上了今晚晨晓的梦境。
【……这些梦不像是预知梦，但是它到底意味着什么。】
看着本子上的内容，晨晓一脸的苦恼，毕竟她毫无头绪。
然而深陷于思考当中的少女并不知道，这只是会让这个平静的夜晚变得刺激和“欢乐”起来的前兆……