萩之城里的倭国人除了被叛军杀害和掳走的，也大多都从后门逃走了，从前门逃出来的不过寥寥数百人。
明军把这几百个倭国人驱赶到了一处山谷里之后，便派人守住了谷口，将这处山谷作为临时的战俘营。
随后，一边等候萩之城的大火熄灭，明军也一边开始对那三万降卒战俘开始了甄别分流，先是从中挑选出愿意投降为