在封了蜀口，鞑军对于四川不足为患后，余玠着手整治四川内政。
他发展经济，安定民生，同时对于先前的一些丑恶的社会风气也不能容忍。
比如军头们恃着有功而横行霸道，严重地影响民间，所谓的“贼过如梳兵过如篦”，在鞑军进犯时，余玠只能容忍他们。
待鞑军退却，余玠出令要诸将安生，不得胡作非为。