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好在所有暂时打开通往设施地下三层的隔离门被操控员设置为紧急关闭，因此即使被蓝月生物冲撞，所有隔离门的关闭程序依然没有停止。大型的隔离门在传动装置的作用下，左右两侧地隔离门不断地向中间合拢。
即使有蓝月生物地肢体卡在了中间，两侧的隔离门依旧不断地挤压着，缓缓将大门关闭。而这些小型蓝月生物的肢体结构显然不足以抗衡传动装置产生的推力。随着隔离门不断地合拢，这些被夹在隔离门中的蓝月生物肢体被不断地挤压、扭曲，最终不可避免的化作一滩不可名状的样子。
而小型隔离门的关闭却并不像大型隔离门那样有惊无险，小型隔离门的传动装置并没有那样大的出力，导致许多正在关闭的小型隔离门在不断地对抗中不可避免地发生了机械结构的损伤。损毁的机械结构不能继续将隔离门完全关上了。警报声不断响起，然而在这关键的时刻并没有人有余裕去关闭隔离门损毁的警报。而隔离门损毁的警报也被地下三层的设施自动监视到了。
在隔离设施出现损毁的时候，地下三层的设施结构中的一张纸被倾洒而下的酸液融化，变成了一堆焦炭。而随着这道保险设施被熔断，设施内的装载着反应试剂的几个漏斗开始在机械的作用下缓缓倾倒进反应釜。剩余的所有反应试剂都被分批次倒入了设施分布的几处反应釜中，瞬间大量的白雾液体接触面上冒出，沿着管道灌入了地下三层的设施之中。
这些对人类有着神经毒性的对蓝月生物用麻醉性气体在地下三层中的浓度瞬间达到了3倍于标准剂量，这些气体在空气中沿着低浓度的区域扩散而去。这些释放麻醉性气体的管道都位于地下三层的设施区之中，因此并没有被第一时间发现。
即使如此，突入队也开始一边保持着与蓝月生物的交火，一边开始组织从地下三层撤退。从蓝月生物出现之时，现场的状况就开始走向预计中最坏情况发展，因此在权衡利弊之后，指挥官下达了撤出地下三层的命令。
尽管D小队正在向着物流区的地下二层撤退，但是首先突入的部队要保证物流区与设施区的隔离门成功关闭。因此通道中的士兵并没有马上撤退，而是退后到预案中位置，借助装甲车辆的掩护与重机枪的火力，重新构筑防线，不断击杀着靠近通道隔离门的蓝月生物。
尽管通往设施区的几扇大型隔离门都已经落下，但是小型的隔离门因为蓝月生物的损毁仍旧有不少保持着开启的状态。许多的小型蓝月生物也借此不断从门中冒出，想通过正在通道中缓缓落下的重型隔离门。
然而突入的D小队早就在设施工程专家的指导下建立了好几套不同的预案，精心计算好当量的炸药通过引爆器被引爆，在滚滚的烟尘之中，通道重型隔离门外的小型蓝月生物都被一次性炸死，而重型隔离门也在众人紧张地注视下落下，保险装置也成功闭合，将门死死锁住。