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扶桑古树来历众说纷纭，不过大多数大神通者普遍认为，其诞生和太古时代的昊天上帝以及东皇太一有关。
昊天上帝和东皇太一皆是活跃在太古时代的顶级存在，两者曾经激烈争夺过九重天主宰之位。
东皇太一执掌神秘与时光，纵横于太古，称雄于洪荒年间，疑似是彼岸级的大人物。
昊天上帝在那时已经执掌天地权柄，是名副其实的天地主宰，最终东皇太一不敌，陨落在昊天上帝之手。
至此昊天上帝威压太古，威严震慑诸天。
不过那时已是太古最后一个纪元，纪元破灭在即，而纪元终结向来与九重天毁灭、天帝陨落绑定在一起。
所以昊天上帝在击杀东皇太一后，以其残留之血混杂本身之血，将一株早年得到的大道之树种于隐秘之处，似乎想李代桃僵，用此替代自身的陨落来完成纪元终结，以安稳渡过劫数。
纪元终结如期而至，不过昊天上帝的谋算并未成功，大道之树未能替代应劫，而昊天上帝陨落。
几位古老者鉴于末劫关键之一亦是大道之树，因此都未出手破坏，打算观察古树变化，由此及彼，做好准备。
是以那株大道之树得以留存下来，并且有了扶桑古树之名。
再后来便是青帝从扶桑古树中孕育而出，活跃在上古时代，与金皇，黑帝，火皇以及中央天帝合称五方天帝……
种种关于扶桑古树的信息在杨燃脑海中翻涌升腾，最终汇聚成一道分明的灵光，将此界中关于扶桑古树的种种说法整理起来。
以上种种便是扶桑古树的来历，在世人看来，到昊天上帝与东皇太一这两位大人物这里，已经是追溯到了扶桑古树的源头。
只不过通晓剧情的杨燃知道，扶桑古树的源头并不只是到昊天上帝这里，其中还有更深层面的隐秘，却是与早已证就道果超脱出去的道尊有关。
扶桑古树的真正源头在于道尊。
道尊在成就道果超脱之前的那个纪元，以做减求空之法，斩出了黄老君。
那是还要早于昊天上帝所在纪元的时代，仙界与九幽不分，混一于真实界，人、神、鬼、魔、妖、仙杂处，混乱无序。
黄老君成为五方天地之首，开启了治世时代。
彼时，真实界是仙界，也是九幽，天地昏暗，如同阴土，仙妖鬼魔横行。
黄老君于中央立下一株大道之树，这是黄老君的伴生灵物，也是其成道之机。疑似道尊心血凝聚，呈桃树状，能吞噬大道，长出对应树叶，化为执掌此类权柄的天神，因此鬼神辟易，畏惧非常，桃木可辟邪祟也是自此流传而出。
而在那个纪元终结时，黄老君身为实质上的天地主宰，也不可避免的随纪元更迭而陨落。
不过事情尚未结束，黄老君并未彻底陨落，天道怪物自祂的遗蜕之中诞生，而祂的一点残缺灵光也随之转生下个纪元，成为了在太古最后一个纪元中执掌神秘与时光之道的东皇太一。
与黄老君同源而生的大道之树，随着黄老君陨落而凋零，留下了两株幼苗，一株在当时莫名不见，却是被道尊收取，赐予了祂的道童，也就是后来的真武大帝。
另外一株则是跟着黄老君的残缺灵光转生，成为了东皇太一的伴生之物。
东皇太一败亡于昊天上帝之后，大道之树落到了对方手中，被种植于东海尽头，成为今日的扶桑古树。
这才是大道之树与扶桑古树的来由与脉络。
“所以大道之树是昊天上帝先得到，而后以东皇太一鲜血浇灌的说法并不正确，正确的说法是昊天上帝杀东皇太一后得大道之树，而后借大道之树行转劫之事。”
此界不知多少谜团，皆是因前因后果颠倒而迷乱不可知，这也是诸多大人物博弈时常用以误导对方的手段。