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AX-II计划第一阶段执行了二十年，二十年的时间内，系统模拟了自宇宙大爆炸以来130多亿年的历史，首先是原子，紧接着是分子，然后是气体、物质、星球，但受到设备的限制，仅仅能模拟半个银河系大小的宇宙空间。但对于人类来说却是理论的一大进步，它不仅证明了物理的普适性原理，也证明了大爆炸理论的可能性。
其实，AX-II计划虽然一开始是以游戏项目被提出的，但在它合成了第一个氢原子那一刻，便立刻被各国政府纳入重点项目，一时间世界上六个大国的科研机构都设置了自己的AX-II项目。对荀子瑜来说，有了这些大国是支持，实验的资金支持也会大幅上升，因此作为项目拥有者的他也默许了这种事情。大国加入AX-II项目主要的原因，无非是通过这种模拟找到宇宙中那里还有人类可以使用的资源以及适宜生存的星球，各国独立的研究或者模拟也不计其数，但荀子瑜这套完全无干预的系统还是令人耳目一新。此外。
就这样，二十年过去了，AX-II系统模拟出了十几个可能适宜生存的星球方位，但适宜性都在50%左右，即必须通过前期的改造才能移居，这对于人类来说是远远不够的；此外模拟还发现，虽然理论上宇宙中有大量能够被勘探的资源，但人类最赖以生存的碳元素却少之又少。荀子瑜认为可能是受系统大小的限制，恒星塌陷的情况较少，于是建议各国采取联合开发的方式，将各国的处理器链接起来，组成一个人类有史以来最大的计算设备。当时正直边界者被发现，全人类大联合成为社会上的主流意识，荀子瑜的提案很快便被通过。源源不断的星球与可勘探资源被发现，航天理论也取得一个又一个重大突破，人类仿佛找到在外星文明的打击下了生存下去的办法。
除此之外，荀子瑜还有另一个重大的发现：生命。
在一个小小的小星球上，生命诞生了，系统显示这个类地星球的海洋里生成了一系列的小分子有机物，不是因为神的创造、也不是陨石带来的细胞、就是物质的不断组合排列间偶然生成的生命。
处于对人类的某种感情，荀子瑜偷偷地违反了实验的规则，为那个小小的星球安排了一个年轻的恒星，一个小小的卫星，还有八个大小不一的行星兄弟，地球诞生了。
从第一个有机物的出现，到人类诞生，地球用了30亿年。荀子瑜加快了实验时间，所有的处理器都在最大功率运转，按照现在的速度，系统只要一年左右的时间便可以成人类。人类出现之前，荀子瑜会偶尔用这个小星球来研究自然灾害的机制与生命演化进程，但大多数的时间内，他都会静静的等待与观测，生怕干扰了这个奇迹。
几个月后，水中出现了蓝藻类，然后是海绵、甲壳类、鳗类、苔藓、蝎子、鱼类、爬行类……一切都按照进化论在严谨，这个星球逐渐变成蓝绿色，出现了白色的外衣。在恐龙（或者某种大型动物）主宰世界的时候，荀子瑜安排了一个小小的行星，毕竟这也是人类出现的重要一步。
一年过去了，
两年过去了，
三年过去了，
人类没有出现，生命到了哺乳类就停止了进化。
所谓的模拟试验，本质上是系统通过不断的学习与探索，逐渐适应宇宙内部的逻辑，进而从模仿到预判。从统计的角度来说，宇宙中肯定存在适合人类生存的星球，肯定存在能被人类利用的资源，肯定存在外星生物，这些是无需怀疑的。物理学家与天文学家曾做过预测，在理论上，只要人类组建十二支勘测舰队，从十二个方向朝着太阳系外航行，在五十年内一定能发现宜居的星球。但问题恰恰就在这里，以人类的能力，不要说十二支舰队，就是一支星际舰队都捉襟见肘。以地球上的资源储备，星系间的履行勉强能够进行一次。想要实现殖民定居，必须要开发其他星球的资源储备。